【消費税】インボイスの経過措置には何がある？内容と期限、終了後の扱いを解説

なぜインボイスに経過措置が設けられたか

本題に入る前に、そもそもなぜ、インボイス制度に経過措置が設けられたのでしょうか。背景には、新たに課税事業者となる小規模事業者への配慮があります。

インボイス制度とは「インボイス（適格請求書）がなければ仕入税額控除はできない」という制度です。インボイスの発行を強制するものではありませんが、インボイスを発行できなければ大手企業などの取引先から敬遠されるおそれがあります。なおかつ、インボイスの発行は「課税事業者である」ことの証明です。つまり、インボイスを発行するならば消費税の申告・納税を受け入れなくてはなりません。

基準期間の課税売上高が1000万円に満たないような小規模事業者にとって、インボイス制度の受け入れは大きな負担です。彼らの多くは、消費税の申告も納税もしたことがありません。インボイスを発行する道を選択したら、記帳における消費税区分や申告書の作成など、慣れない事務作業をしなくてはならないからです。また、新たな納税も重荷です。

こういった負担を軽減すべく、インボイスの発行事業者としての登録を機に新たに課税事業者になった小規模事業者向けに、さまざまな経過措置が設けられたのです。

経過措置①登録申請書だけで課税事業者・発行事業者になれる

内容

経過措置の1つ目は「適格請求書発行事業者登録申請書さえ提出すれば、課税事業者にもインボイスの発行事業者にもなれる」というものです。

何もなければ消費税の納税義務が免除されるような小規模事業者がインボイスの発行事業者になるなら、登録申請書だけでなく課税事業者選択届出書も提出しなくてはなりません。インボイス制度は多段階控除を適正に行わせるための制度です。そのため、インボイスの発行事業者は課税事業者に限られます。ゆえに基準期間の課税売上高が1000万円以下なら、同時あるいは事前に課税事業者選択届出書を提出して課税事業者になる必要があるのです。

しかしこの手続きの手間を軽減すべく、約6年間だけは登録申請書の提出だけで課税事業者にもインボイスの発行事業者にもなれることになりました。

参照：インボイスQ＆A問７｜国税庁

期限

この経過措置の期限は「2029年9月30日の属する課税期間まで」となっています。個人事業主や12月末決算の法人なら2029年12月31日まで、3月決算の法人なら2030年3月31日まで、この経過措置が使えることとなります。

経過措置終了後の扱い

経過措置が終了した後、原則通りの扱いとなります。具体的には次のようになります（法57の2②、令70の2ほか）。

1. 免税事業者が登録申請書だけでなく課税事業者選択届出書も提出する必要がある
2. １の場合、登録申請書はインボイスを発行したい課税期間の初日から起算して15日前までに提出しなければならない
3. 新規開業については開業した課税期間の末日までに登録申請書を提出すれば開業した課税期間の初日に登録したものとみなされる

経過措置②消費税相当額の80％または50％を控除できる

内容

経過措置の2つ目は「インボイスの発行事業者以外からの仕入れであっても、消費税相当額の80％か50％を控除できる」というものです。本来、免税事業者からの仕入れは一切、仕入税額控除ができません。免税事業者はインボイスの発行ができないからです。

しかしこちらも経過措置により、免税事業者からの仕入であっても、区分記載請求書があれば消費税相当額の一部を仕入税額控除と同様、売上分の消費税から差し引いてよいとされました。

なお「80％控除」か「50％控除」かは、時期によって異なります。次の通りです。

参照：インボイスQ＆A問113｜国税庁

期限

この経過措置そのものの期限は2029年9月30日です。つまり2029年10月1日以降、たとえ課税期間の途中であっても、この経過措置は適用できなくなります。

経過措置終了後の扱い

経過措置終了後は、インボイスの発行事業者以外からの仕入れは一切、仕入税額控除は行えません。インボイスありきの仕入税額控除となります。

経過措置③2割特例

内容

経過措置の3つ目は2割特例です。本来、課税事業者となったら、本則課税（原則課税、一般課税）か簡易課税で納税額を計算するしかありません。

しかしいずれも、これまで一度も申告・納税をしたことのない小規模事業者にとっては大変な手間となります。本則課税なら仕入税額控除を正しく行うべく、領収書や請求書がインボイスであるかどうかのチェックと保管が必要となります。

簡易課税は2種類以上の事業を営んでいたら、計算がやや複雑になります。また、簡易課税制度選択届出書の提出も必要です。そして税負担も軽くありません。小規模事業者に多いサービス業でも「売上税額×50％」を納付することとなります。インボイス制度さえなければインボイス登録も課税事業者も縁のなかった小規模事業者にとっては非常に大きな負担です。

この負担を軽減すべく、2割特例が設けられました。基準期間の課税売上高が1000万円以下といった小規模事業者が2割特例を適用するなら、納税額は「売上税額×20％」で完結します。また、事前の届出は不要で、申告の都度「本則課税課2割特例か」「簡易課税か2割特例か」と選べることとなります。

参照：インボイスQ＆A問114｜国税庁

期限

2026年9月30日を含む課税期間までとなります。個人事業主と12月決算法人なら2026年12月31日まで、3月決算法人なら2027年3月31日までとなります。

経過措置終了後の扱い

2割特例が終了すると、「本則課税か簡易課税か」で納税額を計算することとなります。どのような事情があれ、また基準期間の課税売上高が1000万円以下であれ、関係ありません。

経過措置④2割特例後の簡易課税制度の届出の特例

内容

経過措置の4つ目は、2割特例を適用できなくなったときの簡易課税制度の選択届出書についてのものです。本来、簡易課税制度選択届出書は、簡易課税で計算したい課税期間の初日の前日までに提出すべきものです。しかし消費税の手続きそのものに慣れていない小規模事業者なら、税制をよくわかっていないがためにすぐに判断できなかったり、手続きそのものが遅くなってしまったりするおそれがあります。

そこで特例として「2割特例が終了した（＝前課税期間まで2割特例を受けていた）課税期間中に「現在の課税期間から簡易課税の適用を受ける」旨を記載した簡易課税制度選択届出書を提出していれば、提出日の属する課税期間から簡易課税を適用できる」とされたのです。

参照：インボイスQ＆A問117｜国税庁

期限

この特例は「2割特例を受けた課税期間の翌課税期間」中に行うべきものです。したがって、明確な期限というものがありません。「2026年9月30日を含む課税期間を過ぎたから」「経過措置期間が終了し、有効切れとなった」など、2割特例を適用できなくなる事情は事業者ごとに違うからです。言い換えると「この特例に気づいて適用するかどうかは一発勝負だ」と言えます。

経過措置終了後の扱い

この特例を適用してもしなくても、特例を適用できる課税期間が終了したら、原則通りの扱いとなります。つまり、簡易課税制度選択届出書にしても簡易課税制度選択不適用届出書にしても「適用対象としたい課税期間の初日の前日まで」に提出しなくてはなりません。

その他

このほかにも「基準期間の課税売上高が1億円以下などといった一定規模以下の事業者は、課税仕入れの支払額が税込1万円未満ならインボイスがなくても仕入税額控除ができる」といった特例があります。こちらは2029年9月30日までの特例となっています。「課税期間の途中で突然適用できなくなるおそれがある」点では、80％控除・50％控除と同じだと言えます。

参照：インボイスQ＆A問112｜国税庁

インボイス制度には、このような期限付きの経過措置が複数あります。うっかりミスをしないよう、あらためてインボイスQ＆Aや条文などを確認しておくと安心です。